До цілісного майнового комплексу Національного архітектурно-історичного заповідника «Чернігів стародавній» входять 26 пам’яток архітектури національного значення. Серед них — 6 пам’яток домонгольського періоду.

Враховуючи унікальність архітектурних пам’яток заповідника, першочергову увагу зосереджено на їхньому збереженні та реставрації.

За кошти державних установ та релігійних громад, у користуванні яких знаходяться споруди, за погодженням заповідника та під контролем його працівників проводяться ремонтно-реставраційні та ремонтні роботи на пам’ятках архітектури національного значення.

Зокрема, у 2017 році за кошти релігійних громад, у користуванні яких знаходяться пам’ятки заповідника, за погодженням та під наглядом його працівників проведено поточні ремонтні роботи на пам’ятках архітектури: Спасо-Преображенському соборі; Успенському соборі та Південно-західних і Північних келіях Єлецького монастиря; Троїцькому соборі, Введенській церкві та Будинку архієрея Троїцького монастиря; П’ятницькій церкві (замовник: релігійні громади УПЦ). Здійснювався контроль за проведенням ремонтних робіт у приміщеннях Колегіуму та на фасадах пам’ятки архітектури (замовник: Національний архітектурно-історичний заповідник «Чернігів стародавній»), за встановленням нового іконостасу в Катерининській церкві (замовник: релігійна громада УПЦ КП).

У рамках відтворення Новоантонієвих печер та комплексу споруд XVII—XVIII ст. колишнього Троїцько-Іллінського монастиря в м. Чернігові: підготовлено реставраційне завдання на розробку науково-проектної документації по реставрації вхідної каплиці Новоантонієвих печер (погоджено Міністерством культури України); проводилися проектні роботи щодо спорудження вхідної каплиці Новоантонієвих печер. Роботи проводилися відповідно Договору про співпрацю, ініціатори: Національний архітектурно-історичний заповідник «Чернігів стародавній» та «Благодійний фонд «Веда Веста», підрядник: ТОВ «Будівельна компанія «Українські будівельні рішення».

З метою постійного контролю за технічним станом пам’яток здійснюється перевірка та аналіз температурного і вологісного стану в спорудах. Надаються рекомендації релігійним громадам щодо використання культових споруд.

Здійснюється впорядкування документації з питань паспортизації та охорони пам’яток заповідника, підготовлюється необхідна документація для укладення та продовження терміну дії охоронних договорів між заповідником та користувачами пам’яток архітектури національного значення.

З метою забезпечення збереження та доцільного використання пам’яток та об’єктів культурної спадщини Національного архітектурно-історичного заповідника «Чернігів стародавній» у 2008 році на замовлення Міністерства регіонального розвитку та будівництва України був розроблений Генеральний план розвитку Національного архітектурно-історичного заповідника «Чернігів стародавній» у м. Чернігові з визначенням меж та зон охорони пам’яток. Працювали над ним досвідчені науковці та архітектори Науково-дослідного інституту пам’яткоохоронних досліджень і Державної служби з питань національної культурної спадщини Міністерства культури та туризму України, Українського державного науково-дослідного інституту проектування міст «Діпромісто». Генплан затверджений 23 червня 2009 року 39 сесією Чернігівської міської ради. Він покладений в основу подальшої діяльності заповідника, реставрації, музеєфікації та використання його пам’яток, благоустрою території, розвитку туристичної інфраструктури, а також реконструкції окремих кварталів чи комплексів історичної забудови в зонах охорони заповідника. За результатами цієї науково-дослідної роботи встановлено межі та зони охорони пам’яток заповідника. Визначено режими використання його території, а також черговість заходів щодо охорони, використання, реставрації, реабілітації, музеєфікації пам’яток заповідника, збереження традиційного характеру середовища. Керуючись Генеральним планом розвитку Національного архітектурно-історичного заповідника «Чернігів стародавній» створена постійна комісія із його працівників, яка здійснює обстеження охоронних зон заповідника для контролю за висотністю будинків, що споруджуються, а також з метою попередження незаконних земляних робіт.

Проведено значний обсяг роботи із визначення меж заповідника та юридичного закріплення за ним земельних ділянок. Згідно чинного законодавства та рішення Чернігівської міської ради від 28.09.2004 р. Національному архітектурно-історичному заповіднику «Чернігів стародавній» передано три земельні ділянки загальною площею 19,0471 га на території Валу та Катерининської церкви в постійне користування для експлуатації будівель і споруд заповідника. Відповідно розпорядження голови Чернігівської обласної держадміністрації від 03.11.2015 р. № 610 затверджено проект землеустрою та передано Національному архітектурно-історичному заповіднику «Чернігів стародавній» у постійне користування земельні ділянки загальною площею 1,9653 га за адресою: м. Чернігів, вул. Іллінська, 33-а, для експлуатації будівель та споруд заповідника (для експлуатації будівель та споруд Іллінського монастиря). Проведено експертну оцінку зазначених земельних ділянок. Розроблено проект землеустрою на земельну ділянку П’ятницької церкви.

Взято участь у заходах з підготовки номінаційного досьє для включення культурної спадщини Чернігова до Списку всесвітньої спадщини ЮНЕСКО: у робочій нараді стосовно включення об’єкта «Історичний центр міста Чернігова» до Списку всесвітньої спадщини ЮНЕСКО (організатор: Управління охорони культурної спадщини Міністерства культури України); в організаційному засіданні робочої групи з підготовки номінаційного досьє (організатори: Чернігівська обласна рада, Громадська рада при обласній державній адміністрації); в експертній зустрічі із істориками та фахівцями у сфері охорони культурної спадщини (організатор: Чернігівська обласна рада); у засіданні круглого столу з підготовки номінаційного досьє для включення місцевих історичних та культурних об’єктів до Списку всесвітньої спадщини ЮНЕСКО (організатор: Чернігівська обласна рада).

На засіданні науково-методичної ради Національного архітектурно-історичного заповідника «Чернігів стародавній» розглянуто та погоджено (із врахуванням пропозицій та зауважень) проектно-кошторисну документацію «Капітальний ремонт парку ім. Коцюбинського в м. Чернігові», розроблену ТОВ «СІТІ-ПРОЕКТ» на замовлення Управління ЖКГ Чернігівської міської ради. Міністерство культури України погодило згаданий робочий проект.

Планується проведення ремонтних робіт на території «нижньої» частини Валу — від вул. Преображенської до Колегіуму. Відповідно робочого проекту передбачається збереження всіх об’єктів на цій території в існуючих звичних рамках, додаються лише кілька елементів, які теж будуть виконані в стилістиці «Чернігова стародавнього». Зокрема, передбачається заміна асфальтного покриття, який перебуває у незадовільному стані, на клінкерну бруківку. Планується також створення додаткового паркового світлодіодного освітлення, влаштування велодоріжок і дерев’яних сходів із кованими елементами, заміна лавок, реконструкція і ремонт фонтанів, встановлення макетів Валу і Лоєвих та Любецьких воріт.