До цілісного майнового комплексу заповідника входять 26 пам’яток архітектури національного значення, а також 3 споруди та 2 пам’ятника монументального мистецтва: гетьману Івану Мазепі та князю Ігорю Чернігівському.
Враховуючи унікальність архітектурних пам’яток заповідника, першочергову увагу зосереджено на їхньому збереженні та реставрації.
За кошти державних установ та релігійних громад, у користуванні яких знаходяться споруди, за погодженням заповідника та під контролем його працівників проводяться ремонтно-реставраційні та ремонтні роботи на пам’ятках архітектури національного значення.
Зокрема, у 2020 році здійснювався контроль за поточними ремонтними роботами цокольної частини фасаду пам’ятки архітектури національного значення Будинку губернатора (замовник: Чернігівський обласний історичний музей ім. В.В. Тарновського).
Проведені поточні ремонтні роботи господарським способом у виставковій залі № 5 Колегіуму та відмостки пам’ятки архітектури національного значення Катерининської церкви.
З метою постійного контролю за технічним станом пам’яток здійснюється перевірка та аналіз температурного і вологісного стану в спорудах. Надаються рекомендації релігійним громадам щодо використання культових споруд.
Здійснюється впорядкування документації з питань паспортизації та охорони пам’яток заповідника, підготовлюється необхідна документація для укладення та продовження терміну дії охоронних договорів між заповідником та користувачами пам’яток архітектури національного значення.
З метою забезпечення збереження та доцільного використання пам’яток та об’єктів культурної спадщини Національного архітектурно-історичного заповідника «Чернігів стародавній» у 2008 році на замовлення Міністерства регіонального розвитку та будівництва України був розроблений Генеральний план розвитку Національного архітектурно-історичного заповідника «Чернігів стародавній» у м. Чернігові з визначенням меж та зон охорони пам’яток. Працювали над ним досвідчені науковці та архітектори Науково-дослідного інституту пам’яткоохоронних досліджень і Державної служби з питань національної культурної спадщини Міністерства культури та туризму України, Українського державного науково-дослідного інституту проектування міст «Діпромісто». Генплан затверджений 23 червня 2009 року 39 сесією Чернігівської міської ради. Він покладений в основу подальшої діяльності заповідника, реставрації, музеєфікації та використання його пам’яток, благоустрою території, розвитку туристичної інфраструктури, а також реконструкції окремих кварталів чи комплексів історичної забудови в зонах охорони заповідника. За результатами цієї науково-дослідної роботи встановлено межі та зони охорони пам’яток заповідника. Визначено режими використання його території, а також черговість заходів щодо охорони, використання, реставрації, реабілітації, музеєфікації пам’яток заповідника, збереження традиційного характеру середовища. Керуючись Генеральним планом розвитку Національного архітектурно-історичного заповідника «Чернігів стародавній» створена постійна комісія із його працівників, яка здійснює обстеження охоронних зон заповідника для контролю за висотністю будинків, що споруджуються, а також з метою попередження незаконних земляних робіт.
Проведено значний обсяг роботи із визначення меж заповідника та юридичного закріплення за ним земельних ділянок. Згідно чинного законодавства та рішення Чернігівської міської ради від 28.09.2004 р. Національному архітектурно-історичному заповіднику «Чернігів стародавній» передано три земельні ділянки загальною площею 19,0471 га на території Валу та Катерининської церкви в постійне користування для експлуатації будівель і споруд заповідника. Відповідно розпорядження голови Чернігівської обласної держадміністрації від 03.11.2015 р. № 610 затверджено проект землеустрою та передано Національному архітектурно-історичному заповіднику «Чернігів стародавній» у постійне користування земельні ділянки загальною площею 1,9653 га за адресою: м. Чернігів, вул. Іллінська, 33-а, для експлуатації будівель та споруд заповідника (для експлуатації будівель та споруд Іллінського монастиря). Проведено експертну оцінку зазначених земельних ділянок. Розроблено проект землеустрою на земельну ділянку П’ятницької церкви.
Підготовка матеріалів для включення пам’яток заповідника до Списку всесвітньої спадщини ЮНЕСКО: доповнено та перекладено перший список ЮНЕСКО об’єктів культурної спадщини: «Культурний ландшафт Чернігова» (у рамках підготовки матеріалів для подання до Списку світової спадщини ЮНЕСКО).
Взято участь в засіданнях Консультативної ради з питань охорони культурної спадщини при Департаменті культури і туризму, національностей та релігій Чернігівської обласної державної адміністрації, Архітектурно-містобудівної ради при Управлінні архітектури та містобудування Чернігівської міської ради.