На західній околиці Болдиної гори над неозорою заплавою р. Десни, в оточенні давніх слов’янських курганів, підноситься величезний ансамбль Троїцько-Іллінського монастиря, а біля підніжжя гори знаходиться маленька Іллінська церква, яка є найдавнішою пам’яткою цього монастирського ансамблю.
Спершу вона виконувала функції хрещальні і була тридільною, однобанною, мініатюрних розмірів, складалася з прямокутних у плані бабинця, нефу та напівкруглої апсиди. З заходу до бабинця прилягав невеликий притвор. Літописні джерела не згадують часу зведення церкви, а тому серед дослідників немає єдиної точки зору на час її заснування. Критерієм датування пам’ятки є аналіз її архітектури, будівельної техніки і матеріалу. І все ж більшість дослідників відносять будівництво Іллінської церкви до кінця ХІ ст.
Сучасний вигляд Іллінської церкви — результат перебудов ХVІІ—ХVІІІ століть. Під час монголо-татарської навали (1239 р.) церква зазнала руйнувань. У кінці ХVІ ст. стіни були увінчані карнизом. Над апсидою і бабинцем спорудили невеликі бані і церква перетворилася на трибанну. З півдня до апсиди прибудували ризницю. Суттєвих перебудов пам’ятка зазнала і в середині ХVІІ ст.: замість розібраного притвору зведено великій гранчастий об’єм, що значно збільшило площу храму. Збудовано багатоярусний верх над центральною банею. Розібрано баню над старим бабинцем і зведено нову над прибудовою. І в результаті цих перебудов пам’ятка набула рис стилю українського бароко. Зовні і в середині храм потиньковано і побілено.
В інтер’єрі церкви домінує висотний принцип розкриття внутрішнього простору. Головною особливістю архітектури інтер’єру є використання елементів візантійської хрестовокупольної системи з безстовпною композицією храму, що характерна для дерев’яного зодчества. Стародавній декор інтер’єру втрачений. Не збереглася а ні фреска, а ні підлога з полив’яних керамічних плиток.
Зберігся лише іконостас 1774 року в стилі рококо, у якому інтерпретовано коринфський ордер.
Реставрована Іллінська церква за проектом архітектора М.М.Говденко в 70-ті роки ХХ ст. Нині Іллінська церква є єдиною уцілілою спорудою такого типу в архітектурі Київської Русі. Вона започаткувала розвиток тридільного типу храму в українській мурованій архітектурі ХІІІ—ХVІІІ ст.
На північний захід від Іллінської церкви в 1908-1910 рр. спорудили триярусну дзвіницю типу «восьмерик на четверику». Нижній двоярусний четверик мурований, верхній восьмерик — дерев’яний. Вінчає дзвіницю двоярусна баня барокових абрисів.
З 1967 р. Іллінська церква входить до цілісного майнового комплексу Національного архітектурно-історичного заповідника «Чернігів стародавній» і є його музеєм.