Будинок полкової канцелярії споруджено в 1690-х роках на території Дитинця, недалеко від замкового рову. Первісно він належав чернігівському полковнику Якову Лизогубу, а після його смерті в 1698 році — гетьманові Івану Мазепі. У ХVІІІ ст. тут містилася полкова канцелярія Чернігівського козацького полку, з кінця ХVІІІ до початку ХХ ст. — архів, у наш час — фонди Чернігівського обласного історичного музею ім. В.Тарновського.
Будинок одноповерховий, шестикамерний, типу «хати на дві половини», на такому ж підвалі. Двокамерні (парадні та «чорні») сіни ділять будинок на дві половини: західну — чоловічу і східну — жіночу, у кожній з яких по дві кімнати. Будівля має двосхилий дах із монументальними трикутними фронтонами на причілках.
Розміри будинку в плані 21х16 м. Усі приміщення перекрито системою циліндричних склепінь із розпалубками (у двох західних кімнатах склепіння втрачені ).
Головний вхід в будинок — з північного сходу, де у ХVІІ ст. була міська площа, а чорний — з південно-західного, з боку двора.
Будинок унікальний в усіх відношеннях. В об’ємнопросторовій композиції і декоративній обробці фасадів найбільш яскраво втілена характерна риса чернігівських споруд ХVІІ—ХVІІІ ст.: пластична обробка фасадів, де лопатки-пілястри по кутах і в місцях перетину стін, візерунчаті фронтони, багатопрофільні карнизи та інші деталі складають неповторну гру світлотіні.
З великою майстерністю тут використані пластичні якості цегли різної форми і розмірів, прийомів планування, які йдуть від народної архітектури.
Треба відмітити, що це єдина пам’ятка житлової архітектури України кінця ХVІІ ст., що добре збереглася і має виключно багате декоративне оздоблення фасадів. При «всефасадності» будинку, характерної для української архітектури того часу, північний фасад, як головний, декорований багатше. Декоративна обробка фасадів побудована по принципу наростання пластики і деталей зі східного через південний і західний фасад до північного — головного. На південному фасаді переплітаються деталі східного та західного фасадів — трикутні сандрики із багатопрофільними деталями над вікнами.
Найбільш пишна пластика декору на західній половині фасаду — тут найбільш пишні сандрики багатопелюсткової розетки, а внизу цоколь будинку у вигляді орнаменту — меандру оббігає багатопрофільний контрналичник вікон підвалу. Західний фасад будинку розділений пілястрою на дві частини, що відповідає внутрішньому розміщенню стін. Стіну оживляють тільки ніші, оздоблені простими «вушастими» наличниками. Таким чином, всі чотири фасади вирішені з однаковою ступінню виразності: сильний рельеф декору, підкреслений світотінню вражає живописністю і монументальністю.
Будівлю муровано з цегли на вапняному розчині, стіни зовні і в інтер’єрі потиньковано і побілено. Дах щипцевий, по дерев’яних кроквах укритий покрівельною сталлю.
Будинок полкової канцелярії зазнав пошкоджень під час пожеж 1718 і 1750 рр. У другій половині ХVІІІ ст. до північного фасаду прибудовано тамбур з фігурним фронтоном та влаштовано ще один невеликий тамбур — вхід у підвал знадвору. В одному зі склепінь було прорубано люк для виходу на горище. У ХІХ ст. в будинку було розібрано печі, пробито нові вікна на східному і західному фасадах, покриття даху дахівкою замінено бляшаним. Реставровано будинок у 1954 та 1969 роках.
Будинок полкової канцелярії є найімпозантнішою цивільною будівлею Лівобережної України ХVІІ ст. Входить до складу Національного архітектурно-історичного заповідника «Чернігів стародавній».